Как и предыдущий Пять Ночей С Фредди В играх игроки берут на себя роль охранника, работающего в ночную смену в месте, родственном оригинальной пиццерии Freddy Fazbear's. В дочерней локации представлены новые аниматроники Funtime для шоу Funtime Auditorium.

Игроку необходимо пережить пять ночей, как и в других играх. Каждую ночь охранник сталкивается с некоторыми проблемами, поскольку некоторые аниматроники начинают оживать во главе с Баллорой, новой аниматроникой-балериной.

Ночной охранник предупреждается о Баллоре еще одним ожившим аниматроником, Circus Baby. Она объясняет ему, как она одержима и что они часто пытаются «починить» аниматронов, «вычерпывая» их в комнате для черпания. Это предполагает удаление эндоскелета и помещение его в новый блок. Однако Circus Baby объясняет, что даже после посещения уборной они все еще сломаны.

Выяснилось, что Фантайм Фредди, Фантайм Фокси и Баллора, а также несколько других, убивали людей в Funtime Auditorium. На четвертую ночь, когда двое ремонтников приходят починить Баллору, она и Фокси в конечном итоге убивают их и вешают на сцене, где они обычно выступают.

Цирк Бэби уговаривает ночного охранника попытаться «починить» ее в ремонтной. Вытащив чип Circus Baby, Бэби убеждает ночного охранника отправиться в комнату для черпания, но его подстерегает Баллора, которая пытается его убить. У охранника нет возможности защитить себя, поскольку свет выключен, но Бэби убеждает Баллору, что ночной охранник здесь, чтобы помочь им и оставить его в живых.

Затем охранника направляют в темноте к комнате для черпания, где Цирковая малышка раскрывает свой грандиозный план: поскольку менеджеры продолжают выгребать аниматроников после того, как люди попадают в несчастные случаи или умирают вокруг них, аниматронные марионетки решили, что им придется бежать, но они не могут Не делай так в костюмах. Цирк Бэби придумал план, как убедить ночного охранника помочь ей, а она взамен поможет ему выжить. Однако после того, как ночной охранник добирается до уборной, Бэби использует черпак, чтобы выпотрошить ночного охранника и завладеть его телом.

Игра заканчивается тем, что ночной сторож возвращается домой и смотрит в зеркало. Прежде чем игра заканчивается после титров, глаза охранника загораются, показывая, что он одержим Цирковой Бэби.

В одной из секретных концовок, записанной RabidRetrospectGames, ночной охранник может отправиться в отдельную комнату через аудиторию Funtime вместо того, чтобы идти в комнату для сбора мусора в пятую ночь. В случае успеха охранник попадает в отдельную комнату с мониторами и панелями безопасности, не допускающими проникновения аниматоров.

Отдельный фрагмент показывает, что ночной охранник будет уволен на следующий день за то, что вошел в отдельную комнату, но сначала он должен пережить ночь против аниматроников, пришедших за ним, особенно тех, кто теперь чувствует себя преданным.

В конце смены охранник возвращается домой и начинает смотреть телевизор. Однако после просмотра его программы один из аниматроников из комнаты сбора следует за ним домой и идет перед ним, когда экран становится черным.

Некоторые теории заключаются в том, что Эннард взял на себя голос Бэби после того, как она была в комнате для черпания, и пытается заманить ночного охранника в комнату для черпания, чтобы завладеть его телом. Объяснено, что глаза ночного охранника в конце отражают глаза Эннарда, когда он смотрит в зеркало, а не глаза Бэби.