Pokemon вс и луна начинается с видеоролика о персонаже по имени Лилли и ее покемоне, космоге по прозвищу Небби. Она пытается убежать от охранников, и Покемон использует яркую вспышку, создавая своего рода взрыв, прячась в сумке. Игра переключается на персонажа-игрока, прибывающего в Алолу на остров Мелемеле, где он знакомится с профессором Кукуи и его юным приятелем Хау.

В конечном итоге персонаж-игрок встречается с Лили, чей Космог подвергается нападению на мосту. Игроку удается спасти Космога, но мост ломается, и ему на помощь приходит легендарный покемон по имени Тапу Коко. Это отправляет персонажа-игрока на судьбу, вымощенную величием, и ему дается один из трех стартовых покемонов, а также задание пройти семь испытаний на четырех островах Алолы, включая Мелемеле, остров Акала, остров Пони и остров Ула'Ула. .

На протяжении всего путешествия персонаж-игрок будет взаимодействовать с Хау и Лилли, а также сражаться с различными головорезами и ворами по пути из Команды Черепа. Во время путешествий персонаж-игрок начинает понимать секреты Алолы и то, как вместо традиционных сражений в спортзалах им предстоит пройти семь испытаний на четырех островах. Тот, кто завершит все испытания и победит Тотемных покемонов после их вызова, затем должен будет сразиться с Элитной четверкой, чтобы попробовать свои силы и стать Великим Мастером Тренера Покемонов Алолы. Игрок-персонаж будет зарабатывать кристаллы Z-Power от тренеров, чтобы стать достаточно сильным, чтобы сражаться с Тотемными покемонами и, возможно, даже противостоять хранителю острова Тапу Коко.

По пути выясняется, что Лили остается с профессором Кикей, пока не встанет на ноги. И она, и Космог были найдены на пляже Алолы без сознания, а Профессор и его жена взяли Лили и Космога, чтобы вылечить их.

Лили намерена помочь Космогу вернуться домой. Это приводит ее, персонажа-игрока и Хау на секретный остров между четырьмя основными островами, называемый Эфирным раем, где выясняется, что существуют особые покемоны, известные как Ультра-Чудовища, из альтернативных измерений. Исследовательский центр изучает этих зверей и порталы, ведущие к ним, чтобы лучше понять Ультра-чудовищ.

Когда они в конце концов оказываются на острове Ула'Ула, они узнают, что Солгалео и Лунала в какой-то момент яростно сражались за острова Алола после того, как Солгалео терроризировал людей. Лунала пришла на помощь, и в конце концов у них появился наследник в лице Космога.

Лидер команды Черепа Гузма пытается сорвать стремление Кикей построить Лигу покемонов на Алоле, но Профессор использует персонажа-игрока, чтобы сразиться с Гузмой и унизить его перед друзьями. После боя Гладион, эмо-член Команды Черепа, предупреждает Хау и персонажа-игрока, что им нужно защитить Космога от Команды Черепа и других, пытающихся заполучить его, поскольку он обладает способностью вызывать легендарных монстров. Это заставляет персонажа-игрока сражаться с домашней базой Команды Черепа, чтобы разрушить их раз и навсегда.

Однако пока персонаж-игрок сражается с Командой Черепа на их домашней базе, другой участник по имени Плюмерия захватывает Лили и Космога. Гладион ведет группу в Эфирный Рай, чтобы спасти Лили и Космога.

Они узнают, что Космог предположительно является Ультра-чудовищем из другого измерения, называемого Ультра-космос, и что под давлением Космог может открывать Ультра-червоточины в новые измерения. Эфирный Рай пытается разорвать Космог, чтобы использовать его для открытия измерений в своих интересах.

Персонаж-игрок и Хау наконец добираются до главного офиса, где обнаруживают, что Лили — дочь Лусамины, главы Эфирного Рая. Лили попыталась спасти Космога из центра после того, как однажды ночью он был захвачен во время метеоритного шторма.

Лусамина сообщает, что Гладион — ее сын, а Лили — брат Гладиона. Она планирует использовать Космог, чтобы открыть Ультра-Червоточину и впустить Ультра-Чудовище в мир и нанести ущерб Алоле. Она планирует позволить Космогу умереть в процессе.

Во время испытания на острове Пони персонаж-игрок и Лили в конечном итоге отправляются на вершину святилища, где используют Флейту Солнца и Луны, чтобы вызвать великого легендарного покемона. Космог выходит из рюкзака Лили и превращается в Солгалео или Луналу.

Небби, теперь легендарный покемон, берет персонажа-игрока и Лили в Ультра-космос, чтобы найти ее мать, которая в конечном итоге телепортировалась на слой Ультра-чудовищ во время открытия червоточины.

В конце концов они находят Лусамину, которая сливается с Нихилего, чтобы стать боссом с ультра-щупальцами, но, к счастью, она не пытается изнасиловать свою дочь.

Победив окончательную форму Лусамины, они выходят из Ультра-Пространства и запечатывают Ультра-червоточины, спасая Алолу от полного разрушения. У игрока-персонажа есть возможность сразиться с Небби и стать его сутенером. После борьбы с Ультрачудовищами, поимки Небби и подчинения Лусамины путь к становлению Великим Чемпионом продолжается.

Последний вызов в Pokemon вс и луна происходит на горе Ланакила, где Гранд Чемпион коронуется после победы над Элитной Четверкой, состоящей из предыдущих участников испытаний, таких как Оливия, Асеройал, Кахилия и Хула. Финальная битва станет первым в истории Гранд-чемпионом Лиги покемонов Алолы и попытается добиться признания региона, чтобы в конечном итоге они могли стать чемпионами мира покемом. В этом последнем бою игроки сражаются с профессором Кикуя в тотальной драке за то, чтобы стать первым в истории Гранд-чемпионом Алолы.

После этого они устраивают большой праздник, но Лили и персонаж-игрок ускользают в храм, куда она изначально направлялась в начале игры с Небби. Они идут в храм, чтобы обнаружить Тапу Коко, вступающего в последнюю битву с великим хранителем островов Алола. У игроков есть возможность успешно поймать покемона.

В конце концов Лили решает уйти, чтобы позаботиться о своей прикованной к постели матери Лусамине. Хау обещает написать ей, и персонаж-игрок возвращается домой к своей матери, пока идут титры.